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《财政部、国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》(财税〔2017〕37号)规定，自2017年7月1日起，简并增值税税率结构，取消13%的增值税税率，并对不同形式的购进农产品的扣除作出具体规定。本文就一般纳税人甲企业从不同渠道购进农产品的增值税进项税额抵扣，进行对比与分析。
从一般纳税人处购进农产品
1.取得增值税专用发票，以增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额。
假设甲企业从A处购进农产品111元，取得A开具的增值税专用发票，金额100元，税额11元，则如果甲企业购进农产品直接出售或进行初加工，初加工产品税率仍为11%，则甲企业当期进项可抵扣税额为11元，影响利润金额是100元。如甲企业购进的农产品用于深加工，生产税率为17%的产品，甲企业当期可抵扣进项税额为13元，包括加计扣除农产品进项税额2元(100×2%)，影响利润金额仍是100元。
2.取得增值税普通发票，不能抵扣进项税额。
财税〔2017〕37号文件第二条第(四)项规定，纳税人从批发、零售环节购进适用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋而取得的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。
假设B为从事蔬菜批发销售的一般纳税人，甲企业从A处购进农产品111元(含税价)取得A开具的增值税普通发票，则甲企业无论是购进农产品直接出售还是加工生产税率为11%或17%的货物，当期可申报进项抵扣税额都为0，影响利润金额为111元。
从小规模纳税人处购进农产品
1.取得小规模纳税人在税务部门代开的增值税专用发票购买免税农产品增值税，以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额。
假设C为从事农产品经营的小规模纳税人，甲企业从C处购进农产品111元(含税价)，取得C从国税局代开的增值税专用发票，发票注明金额为107.77元购买免税农产品增值税，税额3.23元，则甲企业购进的农产品直接出售或用于初加工，初加工产品的税率仍为11%，那么甲当期可抵扣进项税额为11.85元(107.77×11%)，影响利润金额是99.15元。如甲企业购进农产品用于深加工，生产税率为17%的产品，则当期可抵扣进项税14.01元，包括加计扣除农产品进项税额2.16元(107.77×2%)，影响利润金额仍是99.15元。
2.取得小规模纳税人自开的增值税普通发票，不能抵扣进项税额。
假设甲企业从D(小规模纳税人)处购进农产品111元(含税价)，取得D自开或国税局代开的增值税普通发票，则无论甲企业购进的农产品是直接出售还是加工生产税率为11%或17%的货物，当期可申报抵扣的进项税额都为0，影响利润金额为111元。
直接从农业生产者处购进农产品
1.取得农业生产单位(含一般纳税人、小规模纳税人)销售自产免征增值税农产品开具的农产品销售发票，应以农产品销售发票注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。
假设甲企业从E单位(增值税一般纳税人或小规模纳税人)处购进自产农产品111元，取得E开具的农产品销售发票，发票注明金额为111元，不征税，如果甲购进农产品直接出售或进行初加工，初加工产品税率仍为11%，则甲企业当期可抵扣的进项税额为12.21元(111×11%)，影响利润金额是98.79元(111-12.21)。如甲企业购进农产品用于深加工，生产税率为17%的产品，甲企业当期可抵扣进项税14.43元(含加计扣除农产品进项税额111×2%=2.22元)，影响利润金额仍是98.79元。
2.向农业生产者个人收购免税农产品时，以收购方开具的收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。
假设甲企业从F处(农业生产者个人)购进自产农产品111元，甲企业可根据实际收购额开具金额为111元的收购发票，如果甲企业购进的农产品直接出售或进行初加工，初加工产品的税率仍为11%，则当期可抵扣进项税额为12.21元(111×11%)，影响利润金额是98.79元(111-12.21)。如甲企业购进农产品用于深加工，生产税率为17%的产品，当期可抵扣进项税14.43元，包括加计扣除农产品进项税额2.22元(111×2%)，影响利润金额仍是98.79元。
境外购进农产品
境外购进农产品取得海关进口增值税专用缴款书的，以海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额。
假设甲企业从境外购进农产品100元(关税完税价格)取得海关进口增值税专用缴款书注明税额11元，如果甲企业购进农产品直接出售或进行初加工，初加工产品税率仍为11%，则可抵扣进项税额为11元，影响利润金额是100元。如甲企业购进农产品用于深加工，生产税率为17%的产品，则当期可抵扣进项税13元，包括加计扣除农产品进项税额2元(100×2%)，影响利润金额仍是100元。