当前，各类流通方式都还存在着一些不容忽略的问题。一方面是方式原本发育和发展中的问题；另一方面是外部环境和条件的问题。
（一）经纪、贩运型流通方式存在的主要问题
主要是组织化程度较低，村民运销业户经营分散，流通和交易费用较高，市场的不确定性较大。一些村民运销组织参差不齐，造成市场声誉度不高。
对这类流通方式要继续鼓励其发展，重点是增强组织化程度，引导其产生专业化的商会或相对集中的合作组织，推行管理体制。非常是发挥一些农村“能人”的作用，成为这类组织方式的“带头人”。
农村流通经纪人是带有美国特色的组织。她们帮助村民把产品买入去，解除了一些村民销售难的的问题。据国家公商行政管理总署统计，现在我国农村经纪人已达38万余户，经纪业务量达1707万元左右。要积极引导农村经纪人加入经纪人商会，构建联系农村经纪人体制、农村经纪人轮训机制。推进业务轮训和相关法律法规、职业道德轮训，使农村经纪人队伍素养得到显著提升。
（二）加工商贸型流通方式存在的主要问题
这类流通方式主要是怎样解决好公司与农民双方契约约束的脆弱性问题，使双方的利益得到有效保障。包括契约的执行性较好、公司对农民管理与协调上的困难，信息双向流通、分配制度风险和收益不对称、缺少约束模式等问题。
建立的方式是农产品流通存在的问题，一方面，进行组织方式上的创新。例如山东莱山地区探求出“龙头企业＋合作社＋农民”与“龙头企业＋基地＋农民”等多种方式的经济组织，龙头企业投资，农民投工，基地管理，划片承包。这些组织方式一定程度上摆脱了双方契约约束脆弱性和管理上的困难等问题，使公司与农民的联合更趋密切，既有促使增加农户的知识技术水平，推广先进的技术，也方便推行规范生产，因而达到提升产品品质，实现公司与农民利益共赢的目的。
另一方面，通过制订相关规则来明晰龙头企业和农民的权力和义务。其实，加强协议的法律效力只是特别必要的。
（三）农产品批发市场等流通方式存在的问题
现在，我国多数农产品批发市场档次较低，缺少必要的软件设施，存储、加工能力弱，市场功能不完善，信息化方式不健全，幅射作用和对林业的推动、引领作用不强。多数市场是以场地、设施租赁为主的物管式经营，组织方式不健全，在市场管理上多数存在以计费代管理的现象，也缺少与现代流通手段的对接。
建立的方法是要重点扶植一批幅射面广、带动力强的区域性产地和销地批发市场，使之成为报价产生、信息传递、产品集散和综合服务的中心。一是强化市场的基础设施建设，重点是信息系统、质量检查系统、电子对账系统以及加工储存等配套设施建设，增加市场服务功能。二是推动市场转制脚步，产生产权明确，管理规范的公司经营主体。三是向下下游两头延展，推行基地及与终端流通组织对接，引导农产品生产的产业化。
（四）专业合作组织型流通方式的主要问题
主要是专业合作组织覆盖面小农产品流通存在的问题，有些组织有名无实，不能挺好地发挥作用。因为处在发展早期，资本、技术、人才缺少，造成服务水平较低、不能满足农民要求。同时，法律地位的问题只是一个困惑。
推动这类流通方式的发展，一是要培植发展专业合作组织。鼓励引导农户自办合作组织；鼓励引导各镇事业站领办专业合作组织；发挥供销社网路组织优势，领办、创办农产品流通专业合作组织。三是强化法律体制建设，《农民专业合作社法》已从2007年7月1日起开始施行。它赋于了村民专业合作社的法人地位，弥补了我国市场主体法律的一项空白。四是加强政府扶植力度，在注册、财政支农资金、税收、信贷融资等方面支持。同时，加强政府服务职能，抓好对专业合作组织轮训。
（五）以连锁商店为龙头的基地及采购型流通方式存在的主要问题
一方面是商场企业集团公司自身的积极性、主动性的问题，积极开拓市场，促使渔业的产业化发展，另外主要是一些新政条件的问题。诸如，农产品主产区流通设施的使用问题；连锁流通企业直接从村民手中竞购农产品的“收购收据”在全省各地一致性的“可抵扣性”问题。连锁企业与基地之间的合作关系等问题。因而，既要引导连锁企业积极开拓市场，促使渔业的产业化发展；也要建立其发展的外部环境，为其健康发展造就条件。
