通常纳税人选购农副产品的销项税额抵扣，依照采购渠道的不同以及供应商的身分不同，造成购入的原辅材料销项税额抵扣可分为四种状况：
一、一般纳税人出具的增值税专用收据，购入企业可以按规定进行抵扣，即可以根据票面标明的税额抵扣。通常来说，从通常纳税人处购入取得增值税专用收据，在购进当期根据9%估算抵扣销项税额。但适于生产或则委托加工13%税赋货物的农产品，根据10%的交纳率估算销项税额。
二、海关进口增值税专用缴款书。纳税人进口农产品，根据9%的税赋征收增值税，使得是由海关代收。企业购入进口农产品的，可以按海关进口增值税专用缴款书标明的税额进行抵扣。但纳税人购入适于生产或则委托加工13%税赋货物的农产品，根据10%的交纳率估算销项税额。
三、向林业生产者购入的自产农产品，可以凭农副产品竞购收据或自产农副产品销售收据估算抵扣销项税额。
企业一直向林业生产者个人购入自产农产品的，可以向经理国税局申请农副产品竞购收据，在购入时自行据实出具；或则可以由渔业生产者去国税局申请代开免税销售收据。无论是企业自开的农副产品竞购收据，还是国税局代开的免税农产品销售收据，均可以估算销项抵扣销项税。
村民专业合作社和林业企业等，销售自产（村民专业合作社销售本社成员生产的林业产品视同自产）农产品时，可以出具免税的农副产品销售收据。为此，向这类渔业生产组织和企业采购农产品免税农产品如何税务局申请免税，应积极索要合规的收据，以作为销项税额抵扣的凭据。
农副产品竞购收据或自产自销农副产品销售收据，可以抵扣的销项税额=票面总额×9%，适于生产13%税赋深加工产品根据10%交纳率估算销项税额。
四、从小规模纳税人处取得专用收据。按照规定，购入农产品，从根据简易计税方式根据3%征产率估算收取增值税的小规模纳税人取得增值税专用收据的，以增值税专用收据上标明的总额和9%的交纳率估算销项税额。适于生产13%税赋的，根据10%交纳率估算销项税额。现新政规定，灾情其间小规模纳税人根据1%征产率估算收取增值税，并可以出具增值税专用收据。出具1%专票是否可以9%或10%估算抵扣?各地的答疑口径是不同的免税农产品如何税务局申请免税，纳税人执行的很纷乱。国家地税总署答疑的口径：从小规模纳税人处购入农产品取得1%专票不得按票面总额的9%或10%估算抵扣，只有取得3%的专票才可以。
比如：某公司从某小规模纳税人企业购入谷物一批，取得代开的增值税专用收据，总额10亿元，税额0.3亿元，此刻，该公司能抵扣的销项税=10×9%=0.9亿元，记入原材料总额=100.3-0.9=9.4亿元。
留意：一是纳税人购入农产品既适于生产销售或委托受托加工13%税赋货物又适于生产销售其他货物服务的，必须分别核算适于生产销售或委托受托加工13%税赋货物和其他货物服务的农产品销项税额，未分别核算的，统一以增值税专用收据或海关进口增值税专用缴款书上标明的增值税额为销项税额或以农产品竞购收据或销售收据上标明的农产品买价和9%的交纳率估算销项税额。二是纳税人购入农产品，在购进当期，应遵循农产品抵扣的通常规定，根据9%估算抵扣销项税额。假如购入农产品适于生产或则委托加工13%税赋货物，则在生产领用当期，再加计抵扣1个百分点。
