水程缓缓，风光壮美，令其浑然忘却漂泊之苦。王圻已习惯东西奔走，宦海浮沉，只求无愧于心。虽然湖广官场氛围并不轻松，但王圻依然全心投入。他备兵武昌，负责团练军兵及武昌、汉阳等地的治安。这里是省城，较湖广其他地方治安好，地方相对安定，但是长江沿线往往多有江盗。就在万历元年（1573），离武昌不远的蕲州（治今湖北蕲春西南蕲州镇）附近的牛角尖就发生了盗劫客船致九十名水兵溺死的事件，朝廷下诏严饬江防守备，尽管负责下江防御（即驻扎蕲州，负责长江沿汉阳而下至黄州等处江防）的兵备戢汝止擒杀了十多名盗贼，也受到了降俸一级的处罚。王圻到任后，立即整饬军务，勤于任事，任职期间江防宁静，盗贼不滋。
王圻负责提刑事务，武昌等地的刑案往往要由其查勘，所以他于是年编纂完成《洗冤集览》一书，并将此书推广全省，作为地方官查案的指南。在《洗冤集览序》中，王圻写道：极刑的审勘，基础就在于法医的检验。检验明晰，案情就会和刑罚相符合，这就是所谓“情罪相当”，犯了什么样的法，就判什么样的罪，也只有“情罪相当”，才会令刑罚产生震慑的效果，“刑一人而千万人惧”。关于法医的检验程序，此前有很多书，如《洗冤》《平冤》《无冤》等书都有详细记载，但是这些书都著于前朝，本朝的法律法条没有载入，所以他才专门编写了《洗冤集览》，让那些负责审案的官员读了以后，不会被罪犯的言辞脸色所蒙蔽，用自己的聪明才智，破除罪犯的阴谋诡计，让他们无话可说，甘心服法，让上古如皋陶这样的法官留下的优良法律传统得以延续。中国古代虽然一直有优良的法医传统，作为基层法官的各级地方官员本应该具备法律和法医学的知识，但是历史上除了少数头脑清楚、目光远大的官员外，大多认为这只是所谓牛溲马渤（牛溲，即牛尿；马渤，菌类植物，生于湿地和腐木上，一般人认为低贱无用之物，但其实可作药材），不以为意，往往仅凭主观臆断，轻信口供，习惯性严刑逼供，导致古代冤案丛出，法律只是摆摆样子而已。王圻认识到了法医学的意义和价值，在从事法律实践的过程中，致力于研究、总结法医学知识和经验，并努力将其传播推广，这在传统社会的地方官员中可谓是凤毛麟角，难能可贵。
当年王圻在典山东武举试时表现优异，所撰的程策一度被张居正误以为是钱岱的作品，由此给侍御史钱岱留下了深刻的印象。万历十年（1582）秋天，湖广举行三年一度的武举乡试，钱岱特地推荐王圻主持是科湖广武举。和在山东一样，王圻也写下了《壬午科湖广武举程策》。在这篇程策中，他提出了一个问题：忠贞的良将是如何造就的？古人说社稷的安危系于将领，将领就是社稷的保卫者，所以说，只有心系社稷，才能谈得上是国家的良将。《武经》上说：“将有五才而忠为要，将有八征而贞居一。”王圻举古代楚地的例子进行阐述。当年吴楚柏举之战后，楚威王感叹国家没有社稷之臣，莫敖子华列举了本国历史上五位杰出人物的事迹，来说明这五种类型的人才都是“社稷之臣”。他还开导楚王要善于识别各种人才，不拘一格地使用各种人才。王圻最后总结，从前就是因为无条件地信任将领，所以将士们才会感激振奋，绝无二志，孜孜为国赴难。后世往往不信任将领，导致将领有的请求赐田，表明自己只想享受安乐的日子，有的请求朝廷派监军，表明自己无条件接受皇帝的监督，这样的将领怎么能打好仗呢？古往今来那些忠贞的将领，忠心不二固然出自天性，但也需要朝廷赏识、培养、信任。这篇程策很显然将矛头直指明代惯有的宦官监军及由此形成的对前线将领不信任的环境，这也是日后明末战事屡战屡败，最终导致灭亡的教训之一。
王圻的论题为《王者必有股肱羽翼以成威神》，说帝王要成为威震天下的王者，必须有自己的“股肱羽翼”。他指出，人君不能心眼偏私，而是要“广延博揽”，吸引海内有一长一艺的人士，将其罗置麾下，才能无往而不利。他指出，今天朝廷并不是不想招揽人才，但是悬着赏金，骏马不来，四处张罗，凤鸟不至，是为什么呢？就是因为现在的环境让小人与君子共存，让驽马与良驹并驾，让那些有才能的人被小人所排挤，最后黯然离去，所以要“讨古监今”，形成一个良好环境，这样才能使人才归附，有了“股肱羽翼”，帝王才能威震天下。这篇程论既直指当时人人自危、小人当道的环境，又是王圻针对自己的身世有感而发。
在《湖广武举乡试录后序》中，王圻指出，近世以来讳言兵事，把军事当成小技，之前强调文武兼备、入相而出将的传统已经改变。如果参加武举的考生不擅长文辞，就继而不录。事实上，为社稷赴国难的都是天下的良士。古代楚国的人才往往以文武双全著称，比如说尹吉甫北伐，子文治兵，都是典型，今天，楚地继承了屈原、宋玉以后的风雅传统，鸿材丽藻，海内无双，但是以武功见长的百不一二，所以他希望楚地的人才继承昔日尹吉甫、子文的传统，跃然而起，文武兼备，为国家效力。在这篇文章中，王圻再度表示了对当时朝廷上下重文轻武的不满。
王圻典试武举成果卓著，在钱岱等人的推荐下，十月，朝廷下诏，王圻由湖广按察佥事改任提学副使。提学使就是一省学政，负责管理一省的教育，并主持秀才考试最重要的院试。在湖北做提学并不是一桩优差。张居正执政期间，在湖北地方为官的都是张党亲信，加上张居正的亲朋好友云集于此，这里的士子习惯于上下奔走，请托关系，有真才实学的士子反而得不到赏识和选拔。王圻到任后，针对这一情况，撰写《示谕全楚诸生条约》，为湖北士子立法三章，并广而告之。他在这份条约中指出：皇上令大臣提督本地学政，强调的就是操行和实践。可有的士子晚上投书，白天造访，违反了相关规定，希望士子自重自觉，不必让看门人驱赶。至于那些结交相关部门猎取声誉的，或者借着论文来求进的，或者托亲戚朋友来通融的，这些人气节低下，品格卑劣，就算日后获得功名，对国家也不会有益，也是我素来羞以为伍的。总之，期望湖北诸生痛加砥砺，如果有违背上述规定请托奔走的，立刻将该生黜退，童生即由府县禁锢终身，同时要向父兄问罪追赃。他在《跋湖广乙酉科齿录》中也说，世上争相羡慕的是功名而不是德行，强调的是小技而不是大道，这正是他所不齿的。
王圻说到做到，在他任湖北提督学政期间，那些之前攀附权贵的人再也没机会搞小动作。一到考试，王圻连一般的常役也不用，只让两个小吏传递题目，一个厨子准备伙食，一切积弊尽皆除去。自隆庆以来，楚地士子科举考试只做“四书五经”八股题，此外束书不观，一字不读，至于策论，完全是一片茫然，根本无从下笔。王圻到任后，重点考试策论，其次才是经义，不到一年，在他的引导下，楚地士子在这方面有了明显的进步，开始重视广泛阅读，于是风雅复兴。此后，楚地士子入翰林、为给事中、成御史及各地地方官的如云蒸霞蔚，纷纷涌现，楚材称盛，很多都是王圻当年选拔的人才。当时流传有这样一个故事，说京山县有一个童生名叫朱一龙，雅负文名，每到府县试，必名列前茅，但一到王圻主持的院试，马上就成绩不佳，这样反复了多次。王圻就跟他说：“且看此次情况怎么样。”结果他又落榜了。王圻马上找来朱一龙的落榜卷，发现和自己批的卷子完全不是一回事，直接录取为是科第三名。原来是书吏受贿，调换了试卷，王圻立即将书吏法办，朱一龙获得了秀才的功名。多年后，他终于成了进士，并任苏州司理，到任后，他还专程看望了王圻。
