城墙建好了，倭寇又来了。

仿佛是为了检验城墙的御敌防护能力，在新筑两个月后，即嘉靖三十三年（1554）正月，数千倭寇在贼首萧显的率领下，打败了黄浦江中的崇明水师，溯江而上，浩浩荡荡地杀向上海县城，直逼小东门。

这伙倭寇看到耸立在眼前的城墙后，大为惊愕，他们都不知道县城竟然这么快筑起了城墙，但既然来了，又岂能空手而回？于是便猖狂攻城，并登上城外高处民亭俯瞰城中，伺机寻找突破口。海防佥事董邦政率领着一众官兵登城固守，并命神枪手用火枪在城墙崩坏的缺口处逐一击毙倭寇，居然屡次挡住了猖狂嚣张的敌人。围困持续了18天，倭寇见攻城无望，只好撤退。官兵们以为倭寇胆怯，便乘胜追击，可真的面对面兵刃相见，却不是倭寇对手，迅速溃败，统领刘东阳还被打死。还好这个时候，有民团三百余人和来自法华寺等寺庙的少林僧80人赶来，以及浙江巡抚王抒遣参将卢镗率兵2000人从海上过来增援，这才把倭寇击溃。

狼狈逃逸的倭寇贼心不死，于是占据新场、下沙、周浦等地为巢，大掠四郊。嘉靖三十三年（1554）春夏间，闵行、吴会、诸翟等市镇（现均在闵行区境内）和新泾、乌泥泾等地（原上海县属地，现分属长宁区、徐汇区）遭受倭寇重创，生灵涂炭，一些原本兴旺发达的市镇由此败落，最终沦为乡村野郊，一蹶不振。

闵行，如今是上海市16个市辖区之一，但在上海立县之初，却只是个名不见经传的小集镇。闵行之名最初出现时，其区域仅指如今的闵行区江川路街道部分地区，即横泾港汇入黄浦江处东西两侧，其中心位置在横泾港和沪闵路之间。这里最早属上海县长人乡。

立县后，有个叫潘复元的道士在此地建洞真道院，而后又有禅师水月建度门寺。直到明洪武六年（1373），境内设立了黄浦巡检司署，是军事上通往松江府城的要冲，一般来说只有关津要道、商贾辐辏之地，官方才会派驻这种维护正常商旅往来的管理机构。这说明此地商市有了一定规模。不过那时叫什么地名，未见史料记载。直到明弘治十七年（1504），《弘治上海志》称，初见“敏行”，这是最早的地名记载。到明正德七年（1512）的《松江府志》已记载为“闵行市”，为闵行有文字记载之始。正德年间，松江一带因水患绝收，闵行一带的横沥、沙冈、竹冈由于地势高亢，没受到大的影响，附近灾民便纷纷跑到这里开展贸易、开设商店，居民稠密，市井烟火初步形成，日趋繁盛。

但那时闵行还是个不显山露水的集镇，称“闵行市”。直到清《乾隆上海县志》，在镇市条目中才初见“闵行镇”的记载。从乾隆中期开始，这个位于上海西南、黄浦江畔的小镇，一跃成为上海县首镇，“小上海”之名声名远播，而此时这个上海县的概念包括了如今的上海市区。在1960年前未设立（原）闵行区时，闵行长期为上海县县属镇。

倭寇横行，闵行未能幸免于难。

崇祯《松江府志》记载了倭寇三次入侵闵行的经过。志中称倭寇为“贼”。

“嘉靖三十三年（1554）四月十一日，贼八百余人自闵行至清水石桥直抵西仓，俱下岸行，沿烧庐舍。六月，朝廷命兵部尚书张经为总督，征四方之兵协力进剿。六月初三日，贼载辎重行道经叶榭，（参将）汤克宽率众围之，斩贼四十级，夺获贼船七艘，大胜之，至今名得胜港。”这是倭寇首次入侵闵行。

得胜港现属于松江区车墩镇地界，已改为得胜村，它距当时闵行市约十四五里，都毗邻黄浦江，倭寇以船为交通工具，沿江市镇首当其冲。

《松江府志》又曰：“六月十八日，贼大船二十七艘，小船三十余艘由嘉兴入吾松朱泾镇，十九日抵斜塘，解明道代总兵率师守御。二十日贼从横潦泾泊闵行、沙冈等处，焚毁荡析，至二十九日出浦。”这次入侵，倭寇焚毁了具有二百多年历史的闵行度门寺。

嘉靖三十五年（1556），倭寇贼心不死，又来闵行：“五月一日，倭船一百五十余艘自吴淞江入上海北宫前，登岸焚劫，造云梯进攻，被击败。二日，佯退。十七日夜再攻时又被击退，十九日五更乘潮下，直抵闵行，官兵守浦者兽散，居民奔入城者踩踏于途。”（注：该志记载“贼船一百五十余艘”在明《张鼐吴淞甲乙倭变志》中记载为“倭船五十余艘”。）

明官兵军事素质差，又畏寇如虎，无法组织有效的抵抗，而闵行地处郊县，又临江，无城墙佑之，只能一次又一次地遭受倭寇的洗劫。