万历十四年（1586），五十七岁的王圻致仕归乡。从此之后，王圻隐居上海，以读书著述为娱。
王圻曾将自己的文稿命名为《明农稿》，“明农”，典出《尚书·洛诰》“兹予其明农哉”，明者，勉也，有人解释为勉力为农，后引申为退官务农之意。当然，王圻退官并不只是为了务农，而是为了奉养自己的老父亲，毕竟其父王熠此时已是古稀之年了。当初，王圻乞休时，旁人曾劝阻他，他回答说：“母亲去世的时候，我没在跟前。古人一直以忠孝不能两全为恨，现在我能侍奉父亲晚年，还有什么遗憾呢？”
当初王圻赴湖北任职后，家中曾一度热闹起来。王熠对于那些官宦世家门庭若市、青衣林立的热闹，其实是非常瞧不起的。此前王圻宦途不顺时，他身处委巷，萧然只立，却浑不在意。此时面对来家里托关系、走后门、求田问舍的人，王熠只是摇摇头，闭着眼睛说：“我老了，你说的这些我不明白。”他仍然生活俭朴，只要不是逢年过节，就算有贵客来，最多就是上一道荤菜而已。
隆庆年间，海瑞出任应天巡抚，素来疾恶如仇的他摧豪强，抚穷弱，强势打压松江豪右，甚至严令徐阶等“重量级”乡官“退田”，“海青天”因此名噪一时。一些人乘此机会通过举报豪门来谋利，很多上海的官宦都受到打击。由于王圻一向清廉，王熠又拒绝请托，所以王家在这场风波中得以幸免。可不久，有一位大汉敲门求见。王熠请他进来后，大汉马上跪倒在地，请求原谅。王熠觉得奇怪，自己与大汉素不相识，何来原谅一说。大汉说：“我确实对不起你，我们两个素不相识，只是我本来想到应天巡抚处打官司，但是别人说如果不说和某某官宦有关，巡抚衙门是不理的。我听说王家是官宦世家，就把你们家牵连了进去，幸好你们家没事，可我还是觉得过意不去，特来认罪。要打要罚，悉听尊便。”王熠听了这话，根本不与他计较，就让他回去了。
之前为照顾父母，王熠得了眼病，虽然建福田庵之后有所好转，但到晚年仍然会发作。为了治眼疾，他开始研究道家打坐、针灸、修炼等术。王圻曾在湖北校刻《黄庭内外景经》应该与此有关。也许是针灸、打坐有点儿用处，王熠渐渐精神矍铄，神采奕奕。
王圻归田后，和父亲度过了几年的快乐时光。万历十八年（1590），王圻为王熠举行八十大寿宴会，整个松江府的士绅、官员都到场庆祝，场面极一时之盛。王熠端坐席间，接受各路来宾的庆祝，一整天也看不到疲惫的样子，旁人望之以为神仙中人。但是没想到，仅仅三个月后，王熠痰疾发作。以今天医学的角度来看，应该是老年人因身体机能退化、免疫力下降而导致的老年性肺炎。王熠的身体每况愈下，他缠绵病榻三个月后的六月二十八日，自知不起，招集儿女交代后事，让儿女将自己扶到卧室休息，刚走到卧室门口，就溘然而逝，去世后依然神色不变，恍然若生时一样，时年八十岁。次年二月，王圻将王熠与母亲陈氏一起合葬在沙洪港九曲河边的墓地。王熠一生一直关注着吴淞江的修浚，去世后长眠于河边，也算是满足了他的心愿。
父亲的去世让王圻伤痛不已。王圻是一个把亲情看得很重的人。《行实》中说他“视从父如父，视从兄弟如兄弟，视从子如子”。王家族中有个年轻人名叫王思贤，从小就无父无母，是个孤儿。王圻将他抚育成人，又请老师教他读书，王思贤也算是个读书种子，为了他有一点儿功名和前途，每到科考时，王圻就硬着头皮去各方面打招呼。王圻有一个堂弟去世了，留下孤儿寡母无法生存，王圻就按月给粮给钱资助。族人有贫困潦倒甚至将自己出卖为奴的，王圻知道后，就出钱赎身。他有个堂嫂张氏，中年守寡，王圻像侍奉亲兄长一样侍奉着她，还专门撰写了请求为嫂子守节给予表彰的公文上于官府，最终将其事迹载于府县志之中。他每年年终都要请全族人吃饭，即使那些疏族也在邀请之列。每年春天青黄不接时，他通过春祭对这些穷苦的族人进行救济。他对旁人说：“《诗经》上说：‘敦彼行苇，牛羊勿践履。方苞方体，维叶泥泥。戚戚兄弟，莫远具尔。’路旁的芦苇，人们尚不忍心让牛羊去践踏，兄弟骨肉，当然应该要相亲相爱了。”
母亲那边的外家亲戚，王圻也一视同仁。只要有什么急事，无论是打官司还是欠债，只要找到王圻，他都有求必应。外家亲戚中有能读书的，王圻就像对待自己的子女一样，帮着找老师，付束脩。何尔复就是他的表侄婿，王圻编纂《三才图会》等书和修纂《青浦县志》时，都带着何尔复，并让何尔复撰序，使他得到锻炼，逐渐在士人圈中享有了一定的名声，给他日后的发展奠定了坚实的基础。每年清明祭扫，他都要到外公外婆、舅舅舅姑墓前祭扫。
对于自己的老师，王圻更是尊敬。少年时代，他曾经跟着盛如川先生读书。盛如川先生去世时没有儿子，他就将盛夫人接回家赡养。盛夫人去世后，他又亲自为其操办丧事。盛夫人留下两个仆人，王圻就让他们为盛家守墓，耕种坟墓旁的田地，每年的收获除了养家糊口、缴纳税粮之外，就作为四时祭扫的费用。为了以防万一，他还专门在墓旁立了一块碑，并上请县衙，给仆人发放执照凭证，以防这块田地日后被豪强兼并。王圻曾跟随一位姚老师读书，秀才姚墨池是姚老师的儿子。姚墨池老了之后，曾经投靠王圻，王圻专门为他安排住处，和他仍然亲如兄弟。
2023年5月起，区政协办公室、区教育局、团区委和区融媒体中心联合推出了“发现闵行之美”系列丛书诵读活动，陆续邀请闵行区多所学校的青少年一起来读好书、善读书、懂历史、爱家乡，合力推动“闵行情”读书活动落到实处。
第三十五季，我们邀请了上海市闵行中学的学生来诵读《梅源记贤：王圻传》。华漕沿苏州河一带曾有十里“梅花源”，为明代著名文献学家、历史学家和藏书家王圻回乡手植。本书以通俗易懂的文字生动撰述王圻这位一代文化巨擘的生平事迹和辉煌成就，全面呈现了王圻的生活环境、活动轨迹、交游情形、著述成就和思想内涵，栩栩如生地还原了王圻以一身正气出入风云官场，到梅花源畔笔耕不辍的非凡生涯，为大众全景式勾勒明代上海地区的传统文脉和江南风情。2026年4月起，第三十五季正式开启，每个工作日的21:30，我们不听不睡！
